هیات یا ثارالله الحسین(علیه السلام)

در جنگ جهانى اول كه بصره به تصرّف قواى انگلیسى درآمد آقاى خوانسارى كرسى درس و تحقیق را رها كرد و در صف رهسپاران جهاد قرار گرفت و با اشغال بغداد كه مقارن با پیروزى‏هاى دیگر متفقین بود پایان جهاد فرا رسید، از آن سو اشغالگران در تعقیب نیروهاى مقاومت برآمدند، دستگیریهاى وسیعى آغاز گشت و سرانجام آقاى خوانسارى جوان هم كه در نبرد از قسمت پا مجروح شده بود دستیگر شد - انگلیسى‏ها اسرا را در بندر بصره جمع نموده آنها را با كشتى‏هایى به اسارتگاههاى خود در مستعمراتشان فرستادند و آقاى خوانسارى و قریب چهارصد تن دیگر از اسراء به جزیره سنگاپور برده شدند - چهار ماه طول كشید تا كشتى آنان در آن سرزمین پهلو گرفت - در سنگاپور اسراء در زندانى صحرایى قرار داده شدند ولى این سید مجاهد و عالم در مدت چهار سال اسارتش در آن دیار غریب و روزگار سخت به فعالیت علمى پرداخت و علاوه بر تدریس منطق و حكمت خود نیز به آموختن زبان انگلیسى از یك شخص هندى پرداخت.

بعد از آزادى از اسارت به زادگاهش خوانسار سپس به حوزه علمیه سلطان آباد اراك مهاجرت كرد و به احترام آیة اللّه حائرى در درس ایشان شركت جست و خود نیز جداگانه به تدریس فقه، اصول و حكمت پرداخت، و در هیأت استفتایى آیة اللّه شیخ عبدالكریم حائرى قرار گرفت به طورى كه بعد از رحلت آیة اللّه حائرى مؤسس حوزه علمیة قم سه تن مورد توجه مردم قرار گرفتند،

آیة اللّه صدر و آیة اللّه حجت و آیة اللّه خوانسارى، و آیة اللّه سید ابوالحسن اصفهانى در نجف احتیاطات خویش را به ایشان ارجاع داد - البته او و دو یار دیگرش با مطرح نمودن آیة اللّه بروجردى مسئولیت مرجعیت و ریاست حوزه را به فقیه بروجردى واگذار نمودند،
یكى از شاگردان برجسته آیة اللّه خوانسارى آیة اللّه محمد على اراكى (ره) بود، او علاوه بر اقامه جماعت مدرسه فیضیة نماز جمعه را نیز در مدرسه فیضة برپا نمود و این سنت رسول خدا را از مهجور بودن در آورد كه در اثر استقبال فراوان مردم قم به مسجد بزرگ امام حسن عسكرى‏علیه السلام انتقال یافت،

  نماز باران

یكى از حوداث مهم كه از آثار شهودى آقاى خوانسارى از نگاه دینى است نماز بارانى مى‏باشد كه وى اقامه نمود
در شهریور 1320 كه متفقین در ایران به طور انبوه حضور یافتند موجى از قحطى و نابسامانى در كشور به راه افتاد و با گذشت دو ماه بهارى در سال 1323 هیچ بارانى در شهر نباریده بود و خشكسالى موقعیت بحرانى به وجود آورده بود،

مردم از آیة اللّه سید محمد تقى خوانسارى تقاضاى نماز باران نمودند - ایشان قبول نمود - اطلاعیه‏اى در سطح شهر نصب گردید كه آقاى خوانسارى در روز جمعه نماز استسقاء خواهد خواند تبلیغات بدى توسط بهائیان و نیروهاى متفقین كه در قم بودند شروع شد - آنان همه چیز را به استهزاء مى‏گرفتند.
افزون بر بیست هزار نفر در نماز باران آن روز شركت نمودند اما اثرى از اجابت دیده نشد فرداى آن روز او بعد از پایان درس از شاگردانش خواست این بار فقط طلّاب وى را همراهى كنند و نماز بارانى دیگر بخوانند - روز یكشنبه نماز خوانده شد و غروب همان روز بعد از نماز مغرب و عشاء باران مفصّلى آمد این باران چنان گسترده و بى امان بود كه تا آن وقت چنین بارشى را كسى سراغ نداشت - خبر این حادثه شگفت توسط نیروهاى متفقین به جهان مخابره شد و در مدتى كوتاه پس از تأیید آن از طرف مقامهاى رسمى لندن و آمریكا، از طریق رادیو انعكاس جهانى یافت،

آیة اللّه خوانسارى در هفتم ذى حجة 1371 ه ق نداى حق را در سفرى كه به شهر همدان داشت لبیك گفت و به سراى جانان شتافت و بعد از آوردن پیكر پاكش به قم هم آغوش استادش حائرى‏رحمه الله مدفون گردید و بدین ترتیب رؤیاى آیة اللّه بروجردى نیز تعبیر گشت‏
او در رؤیایى در همان شبهاى قبل از وفات آن فقیه نامدار دیده بود كه سید مرتضى رحلت كرده و او را به شهر قم مى‏آورند.